Il faut faire vite et ne pas laisser le temps à Christophe de réagir. Le Sénat élit en hâte Boyer comme Président à vie d’Haïti. Il a 42 ans.
Ses nombreuses liaisons amoureuses lui ont donné au moins quatre enfants dont une seule parviendra à l’âge adulte.
Il y a de forte présomptions que Hersilie considérée comme fille posthume de Pétion soit en fait celle de Boyer.
Fort instruit, d’un caractère autoritaire et têtu, on fait de lui une réputation de poltron.
Franc-maçon, c’est un chef qui fuit les honneurs et leur préfère la vie familiale, ce qui est peu apprécié des gens de son époque.
Durant sa présidence il crée le premier lycée, la Chambre des comptes, la Cour de cassation. Il promulgue le Code Civil, le Code du Commerce, le Code pénal et rural.
Homme pratique, il mesure les dangers de l’isolement diplomatique d’Haïti.
Par deux fois il gagne la reconnaissance de l’indépendance : en 1825 avec l’ordonnance de Charles X, en 1838 avec le traité de paix et d’amitié avec Louis-Philippe.
Il accueille le premier consul français en Haïti.
Durant tout son mandat il doit gérer la fronde des députés et sénateurs. Les élections de 1842 ramènent à la Chambre des députés hostiles au gouvernement.
Le 12 mars 1943, Boyer démissionne et se retire à Kingston puis Paris laissant cinq millions de francs dans les caisses du Trésor et une économie florissante.
Il meurt en exil à Paris le 9 juillet 1850, à l’âge de 74 ans, déchu de sa nationalité haïtienne.
Ses funérailles sont chantées à l’église de la Madeleine et il est enterré au cimetière du Père Lachaisse.